Για την επίτευξη του στρατηγικού στόχου για την Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης έχουν εξειδικευθεί τρείς γενικοί αναπτυξιακοί στόχοι:

Η κατανομή της Κοινοτικής Συμμετοχής για την Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης την προγραμματική περίοδο 2007 - 2013 είναι €480εκ. και σε όρους Συνολικής Δημόσιας Δαπάνης ανέρχεται σε €808 εκ. Οι γενικοί αυτοί στόχοι εξειδικεύονται σε επιμέρους ειδικούς στόχους στο επιχειρησιακό επίπεδο των αξόνων προτεραιότητας ως εξής: